De Planologische Kernbeslissing (PKB) 'Waddenzee" heeft betrekking op alle grond die bij vloed vanuit de Waddenzee onderloopt. Dit is inclusief de kwelders (zoals de Boschplaat op Terschelling en Nieuwlandsreid op Ameland), strandvlakten (zoals de Hors op Texel en het Rif bij Schiermonnikoog) en onbewoonde eilanden, zoals Rottumeroog en Griend. Het Noordzeestrand op de eilanden en buitengaatse zandplaten zoals Noorderhaaks vallen buiten het beschermde gebied.

Binnen het PKB-gebied zijn de gebieden in verschillende mate beschermd. Het strengst beschermd zijn de staatsnatuurreservaten: in artikel-17 van de Natuurbeschermingswet staat dat deze gebieden niet vrij toegankelijk zijn. Daarnaast zijn er gebieden die vallen onder het mildere artikel 16 van de Natuurbeschermingswet. Daar mag iedereen komen, maar activiteiten die de natuur duidelijk verstoren kunnen worden geweerd. En tenslotte zijn er de druk bevaren vaargeulen en dergelijke, die niet onder de Natuurbeschermingswet vallen. Op deze gebieden zijn alleen de algemene bepalingen van de PKB van kracht.

De PKB Waddenzee is een beleidsdocument van de rijksoverheid met als doel een duurzame bescherming en ontwikkeling van de Waddenzee als natuurgebied. Dit houdt een ongestoorde ontwikkeling in van de waterbewegingen en de hiermee samenhangende geomorfologische en bodemkundige processen. Het gaat dan om de duurzame bescherming van de kwaliteit van water, bodem en lucht, de (bodem)flora en fauna, zoals de foerageer-, broed- en rustgebieden van de vogels, de werp-, rust- en zooggebieden van zeezoogdieren, met name zeehonden, de kinderkamerfunctie voor de Noordzeevis, de flora en fauna van de buitendijkse gebieden en de daaraan grenzende duinen, de landschappelijke kwaliteiten (de verscheidenheid en het specifieke karakter van het open landschap) en de belevingswaarde van natuur en landschap.

Menselijk gebruik wordt toegestaan als dat de hoofddoelstelling niet in gevaar brengt. Wel moet van tevoren de noodzaak hiervan aangetoond zijn. Wanneer bij de afweging duidelijke twijfel bestaat over de toelaatbaarheid van een activiteit vanwege de mogelijke gevolgen ervan voor het ecosysteem, zal het behoud van de Waddenzee prevaleren (het voorzorgprincipe).

Wanneer activiteiten toelaatbaar worden geacht in de Waddenzee, stelt de overheid wel als voorwaarde dat de best uitvoerbare technieken worden toegepast om negatieve milieu-effecten te voorkomen of te beperken. Dit kan onder meer door toepassing van een zoneringssysteem.

In de Structuurnota Zee- en Kustvisserij uit 1993 zijn belangrijke bepalingen voor de visserij in het waddengebied vastgelegd. Een kwart van de wadplaten is permanent gesloten voor de kokkel- en mosselzaadvisserij. In de voedselarme jaren moet worden vastgesteld of er genoeg voedsel voor vogels is. Dit wordt vastgesteld op basis van onderzoek door het Rijksinstituut voor Visserijonderzoek. Is er onvoldoende voedsel, dan moet overwogen worden gebieden tijdelijk te sluiten. Vastgesteld moet worden welk deel van de schelpdieren nog mag worden opgevist. De verdeelsleutel is: 60 tot 70% voor de vogels, de rest voor de visserij. Is er minder dan 60 tot 70%, dan wordt het gebied voor een jaar gesloten. Uitgegaan wordt van de gemiddelde voedselbehoefte van het vogelbestand over de jaren 1980-1990.