De invloed van de mens op het gebied manifesteert zich op verschillende vlakken. Op de Waddenzee wordt vooral gevist naar mossels, kokkels en garnalen. Naast de beroepsvissers zijn er veel amateurs die een dagje op de wadden vissen. Behalve sportvissers komen watersporters, kustrecreanten en natuurliefhebbers naar het waddengebied om aan hun trekken te komen.

Verder boort men op Ameland en op het wad naar aardgas en wordt op sommige plekken nog zand gewonnen. Defensie oefent in het Lauwersmeergebied, op de Vliehors en op de Razende Bol (Noorderhaaks). Den Helder, Harlingen, Delfzijl en de Eemshaven zijn belangrijke havenplaatsen met veel industriële activiteiten, waar druk bevaren scheepvaartroutes naar toe lopen.